Автоимунитет е невъзможността на един организъм да разпознае своите собствени съставни части (чак до субмолекулни равнища) като свои, което предизвиква имунна реакция срещу неговите собствени клетки и тъкани. Всяка болест, която настъпва вследствие на анормална имунна реакция се нарича автоимунна болест.

Погрешното схващане, че имунната система на индивида не може да разпознае собствените антигени, не е ново. Паул Ерлих в началото на 20 век предлага понятието horror autotoxicus, при което едно „нормално“ тяло не предприема имунна реакция срещу собствените си тъкани. И така всяка автоимунна реакция е възприемана за ненормална и се предполага, че е свързана с болестно състояние. В наши дни е прието, че автоимунните реакции са жизненоважни за развитието и функицонирането на имунните системи при гръбначните и играят централна роля в развитието на имунен толеранс към собствените антигени. Това се нарича „естествен автоимунитет“. Автоимунитетът не трябва да се бърка с алоимунитета.